Den FAQ-Artikel zum Aufblähen von Datenbanken hast du bereits gelesen?

In meiner Erfahrung ist der gängigste Grund der häufige Import von vielen Daten in Temporärtabellen.

Evtl. kannst du deine Datenbank mal beobachten, ob irgendeine bestimmte Aktion ein deutliches Anwachsen der Dateigröße verursacht. Teilweise kommen solche Effekte aber nur in Mehrbenutzerszenarien vor, so dass es schwierig ist genau festzustellen, welche Kombination von Aktionen verschiedener User letztendlich den Effekt verursacht hat.